Csapatokkal szállt partra a szigeten, s kormányzónak nevezték ki. Később ellentétbe került a franciákkal, s visszatért Európába. 1784-ben ismét visszatért Madagaszkárra, de ekkor már fegyveres összeütközés robbant ki közte és a malgasok, illetve a gyarmatosítók között. Életét is francia golyó oltotta ki. Madagaszkári szereplésének vannak máig felderítetlen részletei. Az is vitatott, hogy valóban királya volt-e Madagaszkárnak, mint azt többen állítják.
Benyovszky társaival együtt, még kamcsatkai megmenekülését követően, eljutott Japánba, érintette Kína partjait és kikötött Formosa szigetén is. Társaival többször valóságos kis helyi háborúkat vívtak. Benyovszky később Dél- és Észak- Amerikában is járt.
Földrajzi megfigyelései, leírásai és térképei az akkori kor követelményeinek sem igen feleltek meg. Az viszont kétségtelen, hogy számos helyen megelőzte a nagy földrajzi felfedezőket. Mégsem az ő neve maradt fenn, mert emlékiratai később jelentek meg, mint az angol James Cook és a francia La Pérouse beszámolói.