A Vág és a Dudvág menti vizsgálódásai közben világossá vált számára, hogy az árvízveszélyt a vízimalmok megnövelték. Visszaduzzasztották, lelassították a folyót, ami a meder feliszapolódását váltotta ki. Amikor például a Dudvágnak Csejtétől Östyén irányában új medret ástak, csakhamar malmok népesítették be azt, és zsilipjeikkel, működésükkel a vizet annyira feltartóztatták, hogy "hogy az már normál vízállásnál is a partokat mindenütt eléri, sőt néhány helyen át is lépi, esőzésekkor vagy közepes áradások idején pedig a környező területeket elönti. Javasolta, hogy a folyóra épített "minden malmot el kell távolítani" - szám szerint ötöt -, vagy ha ezt nem akarják, építsenek a malmot megkerülő új medret a folyónak.
A mocsárlecsapoló
A XVIII. században egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy a hadseregben és a mezőgazdaságban a fürge, de kis termetű és kisebb húzóerőt képviselő magyar lovakat erősebbekre kell leváltani. A század második feléből ismerünk egy császári leiratot, mely a Csehországból behozott nagyobb termetű lovak tenyésztését szorgalmazza, és az e téren eredményt felmutató megyéknek megígéri, hogy császári tetszésének és királyi jóindulatának bizonyságát fogja adni".
A megye urai hamar belátták, hogy a nagyobb termetű lovaknak azonban több széna kell. Márpedig a meglévő legelők is elégtelennek bizonyultak. Ezért újabb rétek, kaszálók után kellett nézniük. Megbízták hát mérnökeiket, hogy mérjék fel a mocsarakat, és tegyenek javaslatot azok lecsapolására.
A tatai mocsár lecsapolását is hasonló takarmány-nyerő szándék szorgalmazhatta. Az sem lehet véletlen, hogy éppen ez idő tájt tették meg az első lépéseket a kanizsai mocsár lecsapolására is. A jó széna felértékelődött. Így kerülhetett sor a kamarai mérnök, Mikoviny tatai küldetésére is, hogy a "komáromi földterületek feljavítására" - azaz a tatai mocsár lecsapolására - tervet készítsen, majd "egy vízelvezető csatornát" építsen. 1747. április 15-én kötötte meg Eszterházy József és az Udvari Kamara azt a szerződést, mely szerint a kamarai mérnök, Mikoviny Sámuel földrajzi felmérése alapján készült térképének megfelelően két csatornát ásatnak, egyet a mocsarak lecsapolására... egyet pedig Tatától az almási malmokig". A "Canalis molaris et derivatorius"-t (Malom- és levezető csatornát, ma Általér) mindkét fél számára "fa és más dolgok szállítására" is szánták. Arra a pontra, ahol a lecsapoló csatorna a postautat keresztezte, Mikoviny egy cölöpökre épített kőhidat építtetett.
A mocsarat, melybe az ember kötésig süllyedt, és melyben a marha eldőlt, Mikoviny az alábbi terv szerint csapolta le:
1. Kiszélesíttette és kimélyíttette a tatai tó vizét levezető már meglévő vízfolyás, az Általér medrét, mely ezáltal kalló malom hajtására és faúsztatásra lett alkalmas.
2. A mocsár vizének lefolyását gátló, a "nagy gát"-ba ("Der grosse Damm" - valószínűleg római kori úttöltés) épült zsilipeket és malmot leromboltatta.
3. Naszálytól indítva a mocsarat ketté szelő lecsapoló csatornát ásatott a Dunába.
A mocsarat lecsapoló csatorna, melynek partját ma öreg fűzfák őrzik, még létezik, bár szerepét átvette egy újabban ásott, nem egészen a valóságnak megfelelően "Mikoviny árká"-nak nevezett csatorna.
Tervrajzának feliratai pedig megőrizték a 300 évvel ezelőtti Tata környéki állapotokat: a "Kis Fórás"-t, "Magad Fórás"-t és a "Fényes Forás"-t, két közutat, az almási Duna-parton fürdőt, Szőny előtt Brigétio romjait, valamint táborát, melyhez a Tatáról induló "aquaeductus", vízvezeték futott.
A "régész" és hévíz-kutató
Ha már egyszer úgyis a helyszínen jár, feladatai közé felvették az almási melegforrások megvizsgálását. 5 fólió oldalas jelentésben számolt be észrevételeiről, melyhez egy térképet (26,5x40,5 cm) mellékelt.
A térkép felirata: "Almás azon környékének térképe, melyen a melegfürdő-források találhatók.
A. Az egykori régi fürdő
B. Egy régi pompás fürdőépület romjai
C. Templom
D. Vendéglő
E. Malmok
F. Malomgát, mely a vizet visszatartja, és a G mocsarat létrehozza
H. A mocsár szélén és a mocsárban található számos hévízforrás
I. Kőből épült mészárszék
K. Szérűskert"
Aláírás: "Felmérte és rajzolta S. Mikoviny" (Dátum hiányzik, de a hozzá tartozó iratok iktatásának idejéből lehet következtetni arra, hogy 1746-ban készült.)
A parancs szerint megfelelő gonddal szemrevételezte a fürdőt, és úgy találta, hogy az rossz állapotban van, vize pedig "nem különösen meleg". Bár nem feladata, hogy a fürdő vizének tulajdonságait megvizsgálja, azért elmondja, hogy már a régiek is nagyra becsülték a természetnek ezen jótékony adományát. A legöregebb lakósoktól megtudta, hogy bár csak silány deszkafallal és tetővel építették, sokak testi bajaikban gyógyulást nyertek általa. "Nem messze innen" egy régi fürdőnek a romjait is felfedezte. Alaposabb vizsgálódás után kiderült, hogy egy "pompás" fürdőépület maradványaira bukkant. Maga a fürdő hossza és szélessége 3 öl volt. E mellett egy másik, ugyancsak "remek" fürdőépület alapjait is megtalálta. A téglák és a habarcs alapján úgy találta, hogy egy másfélezeréves római építménnyel van dolga. Korábbi olvasmányaiból már tudta, hogy ezen a vidéken sok nevezetes római telep és város létezett - Szőnynél Brigetio, Neszmély és Süttő között Azaon, Környénél Floriana... Az épületek szerkezetéből arra következtetett, hogy a vizet nem melegítették, tehát az hajdan megfelelő homérséklettel fakadt. Ebből arra következtetett, hogy talán azért váltak hidegebbé, mert elhanyagolták őket, vagy mert az évszázadok alatt földalatti útjaik és összeköttetéseik megváltoztak. A mocsárban viszont felfedezte, hogy helyeként füstként pára gomolyog fel, és a hideg vízben meleg források fakadnak. Ezek bővizűek, és sokkal melegebbek, mint a régi fürdőnél fakadóak. A források vízében fekete nyálkát talált, és amerre folyt, fehér lerakódás mutatta útját. Jelentését azzal fejezi be, hogy jelentős költségek nélkül itt a "legjobb és a leghasznosabb gyógyfürdőt" lehetne létrehozni.
A fürdők esetében megnyilatkozó régész-hajlama a "Conditiones" kezdetű német nyelvű előterjesztésében is felbukkan: "Szeretné a múltat feltárni, különösen Magyarországnak azt a részét, mely valaha Pannóniához és Dáciához tartozott, melyet a régi rómaiak úgy felvirágoztattak, bennük számos jeles kolóniát és várost alapítottak, és hatalmas műveket hoztak létre, ezek romjai, nyomai és emlékei a mai napig fennállnak, melyeket mindezideig senki rendesen föl nem derített... Pontosabb felmérés, mérlegelés után a régi római és görög írók leírása alapján fel kell tárni és deríteni, hogy hol, milyen város vagy település volt korábban, milyen volt annak a fekvése, mely előnyei voltak, mi célból építették az egyes műveket, és mire használták azokat. Lehetőségei szerint Magyarország más részeiben is meg akarja figyelni ezeket, nem feledkezve meg a szarmata, gót és hun régiségekről sem..."
A víziút-tervező
A Habsburg birodalmat a szakadatlan háborúk gazdaságilag visszavetették. Míg például Anglia, Hollandia, Franciaország gyarmataik olcsó nyersanyagának és merkantilista gazdaságpolitikájuknak köszönhetően gazdaságukat felvirágoztatták. Ennek keretében utakat és vízi utakat - hajózó csatornákat - építettek, addig a Habsburg birodalom minden erejét a háborúk kötötték le, és nem hogy új utakat nem építettek, de a régiek is tönkre mentek, hídjai leromlottak.
Bécs fel szeretett volna vetélytársai mellé zárkózni. Fontos lett volna számára - saját iparának támogatására is -, hogy az erdélyi nyersanyagok és az alföldi élelmiszerek megbízható és olcsó vízi úton jussanak el részben Bécsbe, részben a Balkánra és az Adriára. A kor szemléletének megfelelően a Kincstár több pénzt csak a nyereséges külkereskedelemtől remélt. Ezért támogatta mindazt, amitől a külkereskedelem fellendülését remélte. Terveket készíttetett az országot kelet-nyugati irányban átszelő hajózó csatornára. A feladattal Mikovinyt bízták meg. Ő gondosan szemrevételezte a Duna-Tisza-közét, felmérte a Balatont, melyen mélységméréseket is végzett és a Kis-Balatont. 1744-ben készült el a Tisza-Duna-Sió-Balaton-Dráva-csatorna terve. A terv azonban, melynek különböző változatait a reformkoron át a XX. század közepéig dédelgettek, álom maradt csupán. Kétszáz évvel később, 1948-ban, a szocialista tervgazdálkodás keretében elkezdték ugyan építeni a csatorna Dunát a Tiszával összekötő szakaszát, de a Dunaharasztinál a Dunából kiágazó hajózóútból mindössze 22,4 km-nyi készült el.
A vizek térképezője
Bél Mátyáshoz írt fiktív levelének, az "Epistolá"-nak bevezetőjében megfogalmazta, hogy két tényező motiválta az ország vármegyénként való feltérképezésére. Elhatározását alapvetően Bél Mátyás "sürgető kérésének" tulajdonítja, amit megerősített "a geográfusok felfoghatatlan restsége avagy tudatlanság, mely által egyrészt idegen országokat, másrészt ezt a mindkettőnk számára oly drága hazát eltorzították".
Ezen torzulásnak alapvető oka az ország vízrajzának torz volta. A Kárpát-medence térképi arculatát - és a térképek alapszövetét - a folyók határozzák meg. Ezért Mikoviny hangsúlyt helyezett a vizek térképezésének helyességére. Térképező tevékenységének alapjai közé felvette a "hidrográfiai alapot" is. Ha úgy találta, hogy a háromszögelés és a csillagászati helymeghatározás nyújtotta adatok birtokában nem tudja elég megbízhatóan megrajzolni a folyó útját, miután a víz átlagsebességét megmérte, egy pontos órával és egy iránytűvel fölszerelkezve csónakba szállt, és mérte, milyen irányban mennyi ideig sodródik a vízen. A kapott adatok segítettek neki a folyó kanyarulatait ott is megbízhatóan megrajzolni, ahol azokat a terepviszonyok miatt nem lehetett belátni.
Fennmaradt vízrajzi térképei bizonyítják, hogy a vízrajzi térképezés terén is úttörő jelentőségűt alkotott. A térképezett folyószakaszoknak nemcsak az útját, hanem környezetét - árterét - is ábrázolta kifejezetten azzal a szándékkal, hogy annak vízrajzi állapotáról hű képet adjon. Előfutára a XIX. század első felében végzett folyómappációk során végzett térképezésnek.
Víztározó építő
A felvidék bányái egyre kevésbé tudták nélkülözni az olcsó vízi energiát. Hidraulikus gépeik hajtására azonban nem tudtak elegendő vízről gondoskodni. Az aknákban a személy és teherszállítást hagyományosan járgányos módszerrel oldották meg. L. F. Marsigli Duna-monográfiájában ábrázolt képen a selmeci bányák még ezzel a technikával dolgoznak. Vízzel mindezt olcsóbban, megbízhatóbban lehetett volna üzemeltetni.
1730-ban meg is próbáltak vizet fogni, tározót létrehozni, ezért megépíttették a goldbachi gátat, amely azonban hasznavehetetlennek bizonyult. 1838-ban a probléma megoldására Mikovinyt bízták meg. Ő egy olyan víztározó rendszert hozott létre, amely tökéletesen megfelelt a követelményeknek, és 1905-ig biztosította a bányák számára a szükséges vízi energiát. A rendszer egy 60 km hosszú vízfelfogóból, csatornarendszerből és 16 tóból állt. 7 millió m3 víz tárolására volt alkalmas. A tavak a tájat olyan széppé varázsolták, az egész létesítmény annyira illeszkedik környezetébe, hogy a területet az UNESCO 1995-ben a világörökség részének nyilvánította.
Az építkezés sikerén felbuzdulva a hodritschi és a rossgrundi bányavállalatok is kedvet kaptak víztározók építtetésére. Természetesen Mikovinyt bízták meg a tervezéssel és a kivitelezés vezetésével. Fáradságot nem ismerve valósította meg a vállalatok álmait. Azt gondolhatnánk, hogy ezek után a hála sem maradt el. Egyik panaszos leveléből nem ez derül ki: "én, aki... ezeket a víztározókat gondosan és alaposan, mégis gazdaságosan megterveztem és megépíttettem, az építkezésnél felmerülő valamennyi gond és nehézség megoldásában részt vettem...a fizetési listáról lemaradtam, mondván, hogy fizetett alkalmazott vagyok. Ugyanakkor... kollégáim, akik többnyire ugyancsak fizetett kamarai hivatalnokok voltak, ennél a munkánál megszolgált külön járandóságukat... megkapták".
Mikoviny Sámuel életpályáját az első időkben a Duna, a Vág és a Dudvág árvizeivel való vesződés határozta meg. Ez a munka lett végzete is - még halálában is a jövő vízmérnök nemzedék tipikus sorsát mintázta: a gátakon halálosan megfázott. Márciusban "legfelsőbb utasításra" Trencsén városát a fenyegető árvíztől kellett megvédenie. Az esőben, sárban megfázott, valószínűleg tüdőgyulladást kapott, és "hat napos betegség után... 1750. március 23-án a földi életet az örök élettel felcserélte - panaszolja felesége -, engem pedig itt hagyott két fiammal a legkétségbeejtőbb özvegységben és árvaságban..." . 250 év múltán özvegye gyászát is átérezve nagy tisztelettel emlékezük rá úgy is, mint a vizek mérnökére - az első magyar vízmérnökre.